《拉贝日记》取材自拉贝撰写的战时日记《拉贝日记》，通过这个“中国版辛德勒”的传奇故事，再现了南京那段惊心动魄的惨烈记忆。影片从亲历者角度记录了“南京大屠杀”始末，是证实“南京”事件信息最为完整详实的史料。曾经对纳粹主义深信不疑的拉贝，在战争的残酷现实中挺身而出，在“南京大屠杀”期间一手组建起“国际安全区”，挽救了20万中国百姓的生命。然而拉贝回德国后，长期经历排查，晚年黯然病逝于柏林，《拉贝日记》也成为一段尘封记忆。

1937年，距今差不多30年前，商人拉贝和他的妻子DORA生活在中国当时的首都—南京，他是西门子分部的负责人。他很难割舍把这个分部移交给他的继承人WERNER FLIESS。他爱中国，他知道在这里他是个有号召力的人物，然而回到柏林西门子总部，他只是众雇员中的一名而已。在他的庆功欢送舞会上，日军轰炸了南京城，随后日军攻占了上海。由于恐慌事件突发，拉贝毅然打开公司的大门为他的中国员工及其家庭提供避难。

第二天清早，当战火熄灭，清查损失时，呆在南京城的外国人们开始商议在如此危险的时刻他们应该如何是好。德国犹太人外交官GEORG ROSEN告诉他们说上海有一个可以保障老百姓的安全区。VALRIE DUPRS——金陵女子学校的老师立刻觉得这个想法很好，并提名拉贝为主席。作为一个德国人，他或多或少可以被看做是日本人的“同盟”。她的建议让当地医院的内科医生ROBERT WILSON医生感到十分恼怒，因为他痛恨“纳粹党员”。事实上，拉贝本想第二天就离开南京返回德国；但此刻他决定要留下来，并且即刻认真地投入工作。

当日本帝国主义的军队在中国人民身上残忍发泄并施以暴行的时候，拉贝和他的同伴们机智勇敢地与日军周旋，艰难地为南京老百姓提供安全区的保障。数十万的老百姓涌入安全区——这比想象中的多的多。但是，日军仍旧在虐杀和残害中国的老百姓，安全区的补给越来越艰难。 随后，日军计划以一个假像来摧毁安全区——拉贝开始了与时间的赛跑……