1994年，台湾影评人焦雄屏找到她的朋友——“第五代”导演吴子牛，请他执导南京大屠杀题材的影片。 吴子牛回忆：“接受了这个任务之后，我经历了非常痛苦的几个月。”当时他剃发明志，立下“军令状”：“拍不好这部电影，我以后就不拍电影。影片剧本经过梁晓声、徐天生、张冀平等一系列编剧作家之手，创作出了关于“一对恋人，两个家庭”在南京大屠杀中的遭遇。胡子白了40根，在夜里眼泪总是打湿史料。“此前我只知道南京有过屠杀，可真正接触史实是在翻阅了300万字史料之后。”

主演秦汉的父亲孙元良将军，当年曾经负责守卫南京中华门，后来弃城而走，战后被撤职查办，投监拘押42天。从此，他再不愿提这段经历，留下的最后遗愿是葬在南京。秦汉知道父亲的心意，主动提出降低片酬出演本片。

吴子牛说：“南京大屠杀是一个耻辱柱，不能忘记这段历史，哪怕中日已经像兄弟一样，兄弟共同地回忆过去，也应该正视历史。”他也表示，可能再过10年、20年，“我再来拍这个题材，可能会更加人类一些。”

一九三七年深秋，南京荒凉的铁道上，成贤带著怀有身孕的妻子理惠子(日本人)回南京的老家。在纷乱的战火中，成贤在南京的老家已成为一堆瓦砾。别人告诉他可以去到外国人保护的安全区，但成贤自认不是难民而不愿去。他找到在下关发电厂做工的幼时朋友根发。根发虽然对他带回来的日本媳妇反感，但还是接纳了他们。一九三七年十二月十日，日军开始围攻南京城，同年十月十三日南京城破。疯狂的日兵搜索，烧杀淫掠。理惠带著孩子们进了安全区，难民们得知理惠是日本人，便把所有对日本人的不满发泄在她身上，当成贤来到安全区，理惠悬著的一颗心才放下来，他们不知道另一场浩劫已悄然来临。

广德失守，日军向南京进发，蒋介石叛逃。南京城内的大学里建立了难民安全保护区。老师刘书琴在安全区给孩子们上课。1937年12月13日，南京论陷。日军在城里搜索伤兵，理惠子因为她的日本身份逃过了一次灾难。日军进行了惨无人道的大屠杀，在草鞋峡屠杀了中国俘虏和平民5万7千8百多人。家里只有红薯了，成贤只好带着家人去安全区。这时，司令部的联络员，已经逃出南京城的刘书琴的男友邓天远，也来到了安全区。几百个日本兵来到安全区，不顾一切往里冲，救委会主席雷佰用身子挡住，遭到暴打。日军在安全区丧尽天良，书琴为保护孩子受伤，理惠子被踢中肚子死去。天远背着书琴，孩子们紧跟着，向原野走去。

这部以“南京大屠杀”为主题背景的电影，因其独特的视角也曾被评价为一部“充满人文精神，人性十足、生命意识极强的一部电影”。吴子牛试图通过细节以人性的角度描绘出侵略者的复杂性。其中一个细节是当日本兵到理惠子家里搜查时，恐慌的理惠子颤抖地从窗子里挂出一串千纸鹤和一小面日本太阳旗。搜查的日军见状后用日语询问她是哪里人，声音竟是温柔的；另一个细节是成贤被抓走以后，理惠子在一大群避难的中国难民中绝望地用日语哭诉，愤怒的难民把对日本的仇恨迁怒到这位日本妇女身上。影片结尾，导演特别打出了两组字幕，分别是1937年南京大屠杀中的死亡人数以及1995年南京城最新人口数字的对比，从另一个角度揭示了历史的回声。