1993年，佩恩与金奖影帝艾尔-帕西诺(Al Pacino)接拍了布赖恩-德-帕尔马(Brian De Palma)执导的犯罪片《情枭的黎明》(“Carlito's Way”)，在剧中饰演帕西诺的昔日恩人律师大卫，再度出山的佩恩在演技方面显得更加游刃有余，成熟老道。1995年，他又在名导蒂姆-罗宾斯(Tim Robbins)的监狱片《死囚漫步》(“Dead Man Walking”)中，精彩细腻地诠释了一个强奸杀人犯马修-庞塞尔特(Matthew Poncelet)，使这部严肃题材的影片透射出令人感动的悲壮。此片为他赢得了1996年第46届柏林电影节最佳男演员奖，并获第68届奥斯卡奖最佳男主角提名。

1997年，佩恩主演了由金牌导演奥利佛-斯通(Oliver Stone)执导的公路惊栗片《U形转弯》(“U-Turn”)，饰演倒霉的男主角博比-库珀(Bobby Cooper)。他叛逆的表演不仅受到了舆论的好评，也得到了众多女性影迷的青睐，被奥利佛-斯通戏称为“全美最叛逆的小子”。随后他与妻子----曾出演过“阿甘女友”的罗宾-赖特(Robin Wright)共同主演了尼克-卡萨维蒂(Nick Cassavetes)执导的爱情喜剧片《她是如此可爱》(“She's So Lovely”)，这部影片为他捧回了第50届戛纳电影节最佳男演员的桂冠。同年，他还在名导戴维-芬奇(David Fincher)的心理惊栗片《游戏》(“The Game”)中与奥斯卡影帝迈克尔-道格拉斯(Michael Douglas)演对手戏，饰演了道格拉斯的弟弟奥顿(Orton)。戏虽不多，但演得精彩，令人难忘。1998年，佩恩又推出了两部成功之作:特伦斯-马利克(Terrence Malick)的战争巨片《细细的红线》(“Thin Red Line”)和安东尼-德拉赞(Anthony Drazan)的剧情片《喧嚣》(“Hurlyburly”)。尤其是《细细的红线》获得了1999年第71届奥斯卡奖最佳影片等7项提名。

1999年，西恩-潘在名导伍迪-艾伦(Woody Allen)的怀旧喜剧片《甜蜜与卑微》(“Sweet and Lowdown”)中，饰演了一个疯狂而古怪的天才吉它手埃米特-雷(Emmet Ray)。他把这个天才演奏家的优雅风格和可悲的个性表现得活灵活现，使片中的其他角色相形失色，并再次获得了第72届奥斯卡奖最佳男主角提名。

进入新千年，西恩-潘没有让影迷们失望，再度推出了三部力作。2000年与哈维尔-巴丹(Javier Bardem)合作推出了朱利安-施纳贝尔(Julian Schnabel)执导的《夜晚降临前》(“Before Night Falls”)，再现了古巴著名同性恋作家雷纳尔多-阿里纳斯(Reinaldo Arenas)从童年到逝世这段曲折坎坷的人生历程。该片先后在威尼斯影展、欧洲电影节、哥伦比亚电影节和美国国家影评协会上多次获奖。2001年，西恩-潘编剧执导了杰克-尼克尔森和罗宾-赖特主演的恐怖剧情片《誓言》(“The Pledge”)，这是他的第3部执导作品。《誓言》的情节紧张刺激、曲折动人。作为一部恐怖警匪片，佩恩却将人物的情感作为一条主线，充分显示了他日益增强的自信心和驾驭影片的能力，执导才华得到了淋漓展示。

2002年，佩恩还主演了女导演杰西-尼尔森(Jessie Nelson)的剧情片《我是山姆》(“I Am Sam”)。他在剧中饰演一个弱智患者山姆，为了争夺女儿露西的抚养权，与女律师丽塔(米歇尔-法伊弗饰，Michelle Pfeiffer)诉之法庭的故事。在片中，佩恩深入角色的内心，十分细腻地表达出山姆的内心世界，他出色的表现赢得了影评家的一致赞誉，也因此第3次获得奥斯卡奖最佳男主角的提名。

西恩-潘好象并没有改变他的坏脾气，二度角逐奥斯卡影帝二度落空，使他对这次能否如愿捧得最佳男主角的小金人满不在乎。他曾说:"相信这次结果都是一样。"同时，他还曾在去年出席苏格兰举行的爱丁堡电影节时，公开表示如果今年如果入围奥斯卡奖的话，他一定不会出席颁奖礼，他认为"在奥斯卡上，你要嘛可以有2秒钟时间去感谢上帝，要么就只能是这场糟糕电视节目的临时演员，出席奥斯卡让我十分尴尬。"